很多尝试虚拟化的早期用户在虚拟化的初期战果被采摘殆尽后开始进入停滞阶段，那些易于虚拟化的应用软件只应用在了小范围的系统上。行业专家预测大约20%到40%企业的应用软件在被部署虚拟化后陷入停滞状态。
　　
　　对更加关键的组件部署虚拟化陷入停滞（比如电子邮件服务器或者交易数据库），即使Vmware和其他公司都证实这些应用软件在虚拟环境中能保证安全还是如此。Gartner研究公司预测，明年将有超过半数的企业工作负载被部署虚拟化。
　　
　　Vmware和CA公司只是在担心他们自己的销售业绩陷入停滞吗？或者企业中的大部分应用软件可以在性能不受影响的情况下被部署虚拟化？对于虚拟化所带来的所有优势来说，继续在某些专用硬件上运行本地应用软件的理由是什么呢？
　　
　　事实是多数应用软件目前在虚拟基础架构上能运行的很好，Forrester研究公司的高级分析师戴维.k.约翰逊强调说。虚拟化厂商在解决阻碍系统配置的性能难题上已经探索了很久。
　　
　　但是并非所有的应用软件都可以从虚拟化中获得回报。
　　
　　约翰逊表示“如果应用软件真的能控制一种资源，比如网络输入/输出或者硬盘输入/输出，那么对于虚拟环境来说可能并非好事”。在这些情况下，对应用软件部署虚拟化就不是明智之举因为会占据服务器的资源。
　　
　　类似的情况也发生在桌面系统虚拟化方面，从技术上是可以操作的，但是对于特定环境来说所获取的价值是有限的。
　　
　　使用虚拟桌面系统基础架构（简称VDI），桌面系统可以在服务器环境中实现虚拟化，通过网络交付给用户。虚拟桌面系统基础架构早期的使用者也受到了某些因素的牵制，比如用户可能需要视频或者音频连接器，或者只能通过广域网来访问桌面系统。
　　
　　随着Vmware和思杰公司最新的虚拟桌面系统基础架构的推出，两家公司在交付更加全面（诸如特性和性能）的桌面系统上走的更远了，新的特性包括对虚拟桌面系统私人化的能力，通过广域网实现流桌面系统的能力。
　　
　　但问题依然存在。举例来说，微软公司就警告说，虚拟桌面系统基础架构就像非虚拟化环境一样昂贵。另一个问题是虚拟环境无法为桌面系统程序提供充分整合的能力。约翰逊表示“当一款虚拟应用软件被安装以后，就丧失了安装其他程序的机会”。举例来说，在虚拟化环境中，Adobe Acrobat就无法在微软Outlook中实现打印到PDF的能力。
　　
　　不是每个人都需要这些整合点，因此在很多情况下虚拟桌面系统基础架构是不错的选择，确实也能为企业用户提供很多的好处，比如对于管理员来说更加安全和有序的桌面系统管理环境。
　　
　　另一个可能会减缓虚拟化配置脚步的问题是软件许可证授权审计在虚拟化环境中执行起来会更加困难这个事实。虚拟机对于多数软件库存工具来说就是难以预测的黑盒子（虽然Vmware公司最近在他们的虚拟机中增加了一些应用编程接口，会对虚拟机目录的外部程序有所帮助）。
　　
　　另外在台式机上直接运行某些大型应用软件依然是有意义的。
　　
　　约翰逊表示“对于真正的大型应用软件来说（比如CAD程序），本地安装是必要的。人们可以将Auto CAD作为他们首选的工作站使用，因此虚拟化安装就没有什么理由了”。
　　
　　IT管理者可能会考虑对资源部署虚拟化。最近很多企业用户也在考虑什么应用软件必须本地运行。约翰逊表示，虚拟化正在成为越来越多企业用户必不可少的配置模式。